在最开始的时候，试管婴儿是有一定的隐形缺陷的。由于第一代和第二代的试管婴儿技术并不是十分的成熟，从而导致当时的做试管婴儿不能对精子和卵子进行基因的辨别，造成当时的试管婴儿会出现体重不足，发育不良等生理缺陷，并且有一定的遗传病发病概率。
但是目前试管婴儿技术已经非常的成熟，试管婴儿是不存在缺陷的，和正常婴儿并没有太大的区别。同时由于现在可以选择较为优质的胚胎植入女方的子宫之类，所以试管婴儿宝宝一般不存在发育不良的问题。
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