复方胃蛋白酶散和益生菌通常是可以同时使用的。
复方胃蛋白酶散可以用于治疗消化不良以及食欲不振，益生菌通常能达到改善便秘、促进消化的作用，一定程度上可以起到抗肿瘤的效果。复方胃蛋白酶散和益生菌一起使用，能起到防止腹泻以及调节肠道菌群的功效，此外也可以防止细菌滋生，两种药物一起使用通常不会出现反应。
在用药期间患者需要以清淡以及易消化的食物为主。
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