甲状腺药物分为甲亢和甲减两大类。
治疗甲亢的药物分为咪唑类和嘧啶类，常见的有甲巯咪唑或丙基硫氧嘧啶药物。通过抑制甲状腺激素的合成，减少血液中甲状腺激素的水平，从而控制甲状腺功能的亢进的治疗。
甲状腺功能减退的药物，主要是左甲状腺素钠或甲状腺素片。实际上是通过口服药物来补充或替代自身产生甲腺素不足，从而纠正和治疗甲状腺功能减退的状态。
另外，对于桥本氏甲状腺炎合并甲减的患者，有专家建议通过补充硒元素来作为辅助治疗。
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