在临床中常见原因有胆囊结石、胆囊癌，因为如果胆囊里有结石，可能结石反复刺激胆囊壁，会导致胆囊壁的磁化反应。磁化反应到最后可能导致胆囊萎缩，发生磁化或萎缩到胆囊。发生恶性肿瘤的概率，会比正常胆囊高出数十倍甚至数百倍，所以如果一旦出现磁化胆囊或萎缩胆囊的情况下，在临床中往往可能需要通过外科手术，进行胆囊切除。
很多胆囊疾病在发生萎缩前，已经出现癌性病变。癌性病变在早期可能没有任何临床症状，但发展到晚期时，胆囊可能出现萎缩的症状。胆囊癌伴有胆囊萎缩，往往可能是胆囊癌晚期的表现，也意味着患者的预后非常不好。
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