重型再生障碍性贫血的病因，目前还不是很清楚。目前大部分专家认为有三个学说的原因。“种子”学说就是“土壤”异常，“虫子”学说是诠释这个疾病的发病机制。其中造血干细胞就是“种子”，造血微环境就是“土壤”，而“虫子”就是免疫细胞。造血如同种庄稼，种子不好产量自然会低。
把再障病人的“种子”，即造血干细胞拿到体外来培养，长出来的细胞明显比正常的“种子”长出的细胞少。没有肥沃的土壤，再好的种子也长不出好庄稼。
造血的“土壤”主要是指骨髓中的血管、神经和基质细胞等分泌的各种因子，如果这些发生异常也会影响到造血。庄稼有了病虫也会产生明显的产量减少。造血系统的“虫子”主要是指抑制性的Ｔ淋巴细胞。
造血功能障碍可能由于物理、化学、生物多个因素引起来的，遗传和骨髓造血微环境的异常、病毒感染可能都在一定程度上参与了疾病的发生。先天性的重再多有家族史、某些化学物品，如农药、苯、磺胺类药物、氯霉素化学物质等都是导致重型再障的可疑因素。
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