胃肠功能紊乱的诊断是要依靠做肠镜和胃镜。也就是做了胃镜和肠镜没有看到明显的问题，我们才能够下胃肠功能紊乱的诊断。胃肠功能紊乱是排他性的诊断，要排除器质性的病因，才可能考虑是胃肠功能紊乱这个诊断。
胃肠功能紊乱，对消化道本身的结构影响没有太大的负面作用。但是不能够忽略它另外的作用，是对人的精神心理方面的作用。所以长期胃肠功能紊乱会导致人的焦虑，抑郁、失眠等等，这个是最大的影响，心理精神方面的影响是最大的。
对于有胃肠功能紊乱的患者，一般建议还是用其他相关的治疗。首先建议进行规律的作息，笫二尽量避免发酵类食物的摄取吗，包括豆浆、牛奶这些食物的摄入，这样才可能减少胃肠胀气等等不适感。
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