肠炎的概念是指肠黏膜的充血、水肿、糜烂、溃疡等等，这些概念是建立在形态学上，所以一般而言要通过肠镜才能确诊肠炎。也就是表明肠炎是不能够通过症状来诊断。
因为肠炎跟非肠炎它们有类似的症状，在非肠炎导致的消化道症状当中，最常见的是胃肠功能紊乱。而确诊胃肠功能紊乱的前提就是做肠镜时，大体正常或者是完全正常的粘膜。所以根据这样的概念，肠炎是要通过做肠镜才能够诊断。
在肠镜可以看到肠黏膜是否充血、是否水肿、是否红斑渗出、是否糜烂、是否溃疡。如果做肠镜，再加上病理学内膜活检，则诊断就可以完全得到落实。如果在肠镜下看到炎症细胞浸润，就更加可以认定就是炎症的表现。
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