克罗恩病的病因非常复杂，根据目前的研究认为，它是一种跟免疫紊乱密切相关的慢性消化道炎症。除了免疫紊乱以外，还有和很多因素可能相关。包括了：第一、遗传因素，第二、饮食，第三、心理，第四、环境，第五、微生物紊乱等等。
可以用一句话来总结克罗恩病的发病机制，就是环境、饮食、心理等因素发生在一个特定的人身上，这个人可能会有一定的遗传背景，然后在肠道菌群的作用之下，导致肠道免疫过亢，从而发生了肠道黏膜的损害，这就是克罗恩病大体的发病机制。
克罗恩病的发病机制是非常复杂的，因此它的治疗也是非常困难的，往往需要使用到生物制剂。生物制剂是目前克罗恩病的一类最高级的药物，但是效果目前也不是太理想，所以不断有新的药物被开发出来，也可以说是克罗恩病患者的福音。
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