比较多的患者反映，肠镜在进肛门的一段是最辛苦的。其次就是肠镜大概进入20多公分，绕过乙状结肠这一段，可能会有一定腹痛的感觉。但是这些都是因人而异的，并且多数可以接受。当然，如果在有条件开展无痛肠镜的医院进行检查，建议患者尽量优先选择无痛肠镜。
如果在没有病变的情况下，一般做肠镜在半个小时到40分钟就可以完成一次完整的检查，它的范围就是从肛门到阑尾开口的地方，大概1.5到2米的范围。基本上，在40分钟以内会完成一个肠镜检查。
但是，如果有病变，包括肠道狭窄、溃疡，甚至有肿瘤，这个时候需要对病灶进行仔细的观察，包括给他做活检等等。这种情况下，往往可能需要比较长的时间，但是一般都会控制在1个小时以内。
所以总体来说，肠镜它所耗的时间并不多，多数患者可以接受。
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