当肛门位置有损伤时，大便时会有疼痛感觉。可能是由以下原因引起的：
1. 肛裂：肛裂是肛门附近皮肤或黏膜发生裂纹，通常由于硬便或过度用力排便引起。通常会导致肛门周围出现剧烈疼痛、出血和瘙痒感。建议保持大便通畅、增加纤维摄入量、使用柔软的卫生纸、坐浴等。
2. 肛门湿疹：可能由于过度擦洗、湿度过高、过敏或真菌感染等引起肛门周围皮肤出现炎症。症状包括瘙痒、红肿、疼痛和皮肤破损。保持肛门区域干燥、避免使用刺激性的清洁剂、使用抗真菌药物和激素外用剂等。
3.痔疮：痔疮是静脉曲张或突出的血管，可以分为内痔和外痔。当大便排出时可能会导致肛门疼痛、肿胀、出血、瘙痒和异物感。保持大便通畅、增加纤维摄入量、使用温水坐浴、使用局部止痛药和外用药膏等。
4. 肛门疱疹：由疱疹病毒感染引起的疼痛和皮疹，可能导致肛门周围的不适和疼痛。处理方式包括使用抗病毒药物、保持肛门干燥和清洁等。
5.肛门瘘：是指由肛门管道与直肠以外的周围组织之间建立的异常通道。当大便通过这个异常通道排出时，会引起剧烈的疼痛。患者可以在医生的指导下使用止痒的药物进行治疗，常用药物有红霉素软膏、莫匹罗星软膏、马应龙麝香痔疮膏等。在日常生活中注意饮食，尽量以清淡、易消化的食物为主，保持大便通畅。
综上所述，如果疼痛感和不适持续存在或者疼痛感加剧，应该及时就医进行治疗。医生会根据病情给出相应的治疗方案，可能需要进行手术治疗或者进行药物治疗。
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