肝门区的3.5公分肿瘤需要根据具体情况进行处理，处理方法有以下几种：
1. 手术治疗：对于肝门区的肿瘤，手术常常是首选的治疗方法。手术可以通过切除病变组织来彻底治愈肿瘤，但手术适应症需要综合考虑患者的身体状况和肿瘤的性质。对于直径较小的肿瘤，手术通常能取得较好的效果。
2. 射频消融治疗：射频消融是一种通过高温烧灼瘤组织来达到杀死癌细胞的方法。对于肝门区的肿瘤，射频消融是一种创伤较小的治疗方式，可以保留尽量多的正常肝组织，但需要注意治疗范围的选择和精确度。
3. 化疗和靶向治疗：对于一些不能手术切除的肝门区肿瘤，化疗和靶向治疗是常用的辅助治疗方法。这些治疗方式可以通过化学药物或靶向药物作用于肿瘤细胞，抑制其生长和扩散，从而控制病情发展。
4. 放疗：对于无法手术的肝门区肿瘤，放疗可以提供一种控制病情发展的手段。放疗可以通过照射肿瘤区域来杀死癌细胞，但副作用较大，需要评估患者的耐受性。
5. 肝移植：对于肝门区肿瘤严重侵犯肝脏或无法通过手术切除的患者，肝移植是一种可行的治疗方法。肝移植可以通过替换患者的肝脏来实现肿瘤的彻底治愈，但需要患者符合相应的条件。
重要的是要咨询专业医生，根据患者的具体情况和医学建议制定个性化的治疗方案。
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