对于炎症肠病活动期的治疗，分为两个来介绍，轻到中度的，中到重度。对轻到中度炎症性肠病，可能用最基础的药物氨基水杨酸类就可以达到控制。对于中到中的炎症性肠病，可能要用到的武器，就包括糖皮质激素、免疫制剂、生物制剂，如果药物还不能达到治疗的目的，可能要选择手术治疗，外科手术治疗。
对于炎症性肠炎病人来说不是治疗终点，而是在治疗漫长的道路上的，其中的驿站，外科手术治疗完以后，还是要进行内科治疗，才能达到控制炎症的目的。缓解期的病人对缓解期的病人治疗，包括之前用的维持缓解的药物，之前用的诱导缓解的药物，非激素类的药物，可以继续的应用。如果是用激素来诱导缓解，激素在其实不能长期使用的，需要更换为其他药物来进行维持治疗。
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