一旦女性体内有抗子宫内膜抗体的存在，便会导致不孕、停孕或者是发生流产。
子宫内膜是胚胎着床和生长发育的地方，在病理的状态下，比如子宫内膜炎、子宫内膜异位症以及子宫腺肌症等等，可以转化为抗原或半抗原，刺激机体自身产生相应的抗体；此外，人工流产、刮宫的时候，胚囊也可能会作为抗原刺激机体产生抗体；其次，不少女性因为在初次妊娠的时候做了人流而不再怀孕，这种继发不孕症的患者，多数是因为体内产生了抗子宫内膜抗体。
抗子宫内膜抗体属于自身抗体之一，在正常的育龄妇女当中也可以检测到，但是在不孕症的人群当中，特别是患有子宫内膜异位症的妇女当中，更为多见。
血清当中抗子宫内膜抗体的阳性导致不孕的机制，就是由于抗体的产生介导免疫应答，形成恶性循环，导致更多的不孕症抗体的产生，两者相互促进，最后导致患者不孕的发生。
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